IGV(IntegrativeGenomicsViewer)是一个部署在Java平台上的基因组浏览器,用户可以通过IGV浏览数据范围内的基因组序列,同时可以查看其他的相关信息,如基因注释,引物、探针等等。
1.IGV软件的界面介绍
IGV软件的主要窗口分为6个部分,分别是基因组序列浏览区域、菜单栏、工具栏、轨道管理器、轨道信息显示面板、轨道数据显示面板。正确了解软件界面的每个功能区域可以更好的使用软件。
2.如何打开IGV软件
如果您已经下载了IGV软件并已经安装成功,则直接双击启动软件即可,如果是第一次使用软件,可能需要选择“添加基因组”,然后输入您要浏览的基因组序列信息进行搜索。另外,IGV软件的网址:https://www.broadinstitute.org/igv/
3.IGV软件常用快捷键介绍
当我们使用软件时,常用快捷键可以帮助我们更快捷地操作,一些常用快捷键如下:
Ctrl+O:打开一个序列文件
Ctrl+D:将当前序列复制一份
Ctrl+W:关闭当前序列
Ctrl+F:按照某一个文件跳转
Ctrl+A:全选序列
Ctrl+C:复制序列
4.IGV软件如何全屏
在IGV软件的菜单栏中,找到“View”选项,然后选择“FullScreen”。您也可以使用“F11”快捷键实现全屏。当您需要退出全屏时,再次点击“View”选项,然后选择“ExitFullScreen”或是按下“F11”即可退出全屏。
5.IGV软件常见的应用场景
IGV软件可以用于基因突变的研究、转录组的分析以及表观遗传学的研究等,也可以用于研究软件中的IDA、ChIP-seq等等。
6.IGV软件的优势和缺点
IGV软件具有强大的数据可视化和数据分析功能,在基因组序列浏览方面表现尤为突出;软件易于安装和使用,支持多种平台、多种基因组浏览格式。
在一些特定数据类型的浏览方面,相对于其他软件来说,如BAM文件格式的浏览,IGV软件相对较为慢,而且软件的可扩展性比较差。
IGV软件是一款功能强大的基因组浏览器,可以帮助研究者更好地研究基因组序列,同时也可以实现全屏浏览。希望此篇文章对您有所帮助。